Günümüzde din- siyaset ilişkilerinin önemli problemlerinden biri de dinin ideoloji haline getirilmesidir. İslam, siyasal bir proje olmadığı için ideoloji haline getirilmesi büyük sorunlara neden olmaktadır. İdeoloji Fransızca idee(fikir, düşünce) ologie (bilim) kelimelerinin bileşiminden üretilmiş bir kelime olup fikir ve düşünce bilimi anlamına gelmektedir. İslam bir düşünce veya fikir bilimi/ biçimi değil, bir hayat nizamı, bir ahlak düzeni, bir inanç ve iman şeklidir. Dini, düşünceye indirgemek ne kadar yanlışsa, İslam'ı ideolojileştirerek onu inanç ve ahlak boyutundan soyutlamak da o kadar yanlıştır.
Özellikle din siyaset ilişkisinde bu özdeşleştirilmeyi sıkça görmek mümkündür. Din bir yaşama ideali olmaktan çok, bir fikir mücadelesi gibi ele alınmakta, Marksizm, Kapitalizm gibi izmler yahut siyasal projelerle yarışa ve rekabete çıkarılmaktadır. Din ile izmlerin mukayesesi ne kadar yanlışsa, dinin izmlerle aynı kategoride görülmesi de o kadar yanlıştır.İzmlerle yarıştırılan bir din onlarla aynı kategoriye indirilmiş demektir. İzmlerin ahlaka, öteki dünyaya, inanç esaslarına dair söyleyecek bir sözleri yoktur. Oysa dinlerin varlık nedeni insanla insan, insanla toplum, insanla Allah arasındaki ilişkileri düzenlemek, adil, yaşanabilir, barışçı bir dünya oluşturmaktır. İdeolojiler insan zihnini hedef alırken, dinler, -özelde İslam- hem insan zihnini, hem gönlünü, hem vicdanını hem de davranış biçimlerini hedef alır. İzmler dünyaya dairdir, dinler hem dünyaya hem ahirete dairdir.
Din veya dinlerin siyaset alanına çekilmesi onların insanlar üzerindeki etkisi ve itibarının kullanılması maksadına matuftur. Bu bir taraftan hedef kitleyi denetlemeyi, konsolide etmeyi kolaylaştırırken öbür yandan muarızları din dışına itme imkanı verir.İdeolojikleştirilmiş din yoluyla fikir ayrılıkları inanç ayrılığı gibi sunulur. Böylece karşı tarafa duyulan nefrete dini bir renk kazandırılmış olur. Günümüzde de, İslam tarihinde de bunun bir çok örnekleri vardır. Haricilerle başlayan tekfir siyaseti, dalga dalga yayılarak neredeyse İslam dünyasındaki bütün görüş farklarını küfürle damgalayan genel bir anlayış halini almıştır. Emevilerin iktidarlarına karşı çıkanları, Allah'ın kaderine karşı çıkmakla suçlayıp, küfürle itham etmeleri de böyle bir yaklaşımın sonucudur. Keza İslam tarihinde bir kırılma noktası olarak görülen mihne döneminin tarafları da girdikleri Kuran mahluk mudur değil midir tartışmasında birbirlerini küfürle itham etmiş, birbirlerine ağır suçlamalarda bulunmuşlardır.Önce Kuran mahluk değildir diyenler takibata uğramış, ağır işkencelerden geçmiş, daha sonra da Kuran mahluktur diyenler toplumdan ve ilim kürsülerinden dışlanmışlardır.
Dinin ideolojikleştirilerek siyaset sahnesine sürüldüğü yerlerde her türlü muhalefet dinin kendisine yapılmış bir karşı çıkış olarak yorumlanır.Din, insanları fetheden, kuşatan, kucaklayan, müjdeleyen,tedavi eden, iyileştiren özünü kaybederek insanları iman/küfür ekseninde ayıran bir elek işlevi görür. Siyasi fayda biricik amaç halini alır. Din iktidarda kalmanın payandalarından biri haline gelir. Kendini dinle özdeşleştiren, dini bir iktidar ideolojisi haline getirenlerin hataları dinin bizzat kendisine fatura edilir. Bu da karşı siyasette yer alanların dinin hükümlerinden, ölçülerinden şüpheye düşmelerine, dinden uzaklaşmalarına neden olur. İdeolojik din bir taraftan onu kullananların iktidarını pekiştirirken, öteki taraftan dinden kopmaların,şüphe ve tereddütlerin vesilesi olur. Bugün İslam dünyasında iktidarda olan her biri birer diktatörlük ve tek adam düzeni olan yönetimlere karşı suskunluğun, teslimiyetin arkasında bu ideolojikleştirilmiş, çarpıtılmış din anlayışı vardır. Yönetimlere muhalefet etmeyi dine muhalefet sanan bu kitleler yüzünden İslam dünyası demokrasi ile tanışamamış, özgürlük olmadığı için fikir ve düşünce alanında giderek çoraklaşmıştır. Bu tip düzenlerde hiç kimsenin hayatı, onuru, malı, özgürlüğü hukukun teminatı altında değildir. Her şey tek adamların iki dudağı arasındadır. Oysa İslami açıdan da, insani açıdan da en tehlikeli yönetim biçimleri tek adam düzenleridir. Batı bu tip yönetimlerin zararını görmüş, ağır tecrübelerden sonra denetlenebilir, frenlenebilir yönetimlere geçmiştir. İkinci Dünya Savaşından hemen önce bütün Avrupa'da Fransa hariç neredeyse bütün ülkelerin tek adamlar tarafından yönetiliyor olması bu tarz yönetimlerin ne ve nelere mal olabileceği hususunda yeterince öğreticidir. Siyasallaşan/ideolojikleşen bir din, sınırlarını kaybeder, siyasetin her biçimine cevaz verir, hedefe varmak için her vasıtayı mübahlaştıran bir hale gelir. Din bir ideoloji ve siyasal proje değildir. Ona böyle bir misyon yüklemek, Allah'ın diniyle oynamak, onun manevi, ahlaki, dünya ve ahiret inancına dönük yönlerini budayarak basit bir fikir hareketi ve düşünce biçimi haline getirmektir.